دانشگاه علوم پزشکی اصفهان به عنوان یک دانشگاه مادر و دارای سابقه طولانی کاری و نیز به عنوان دانشگاهی که در 3 دهه گذشته پژوهشهای زیادی در سطح دانشگاهی، شهری، کشوری، منطقه ای و حتی بین المللی و چندمرکزی داشته است، دارای جایگاه ویژه پژوهشی می باشد. به همین دلیل اولین بار بیش از 20 سال پیش در کنار انجام امور پژوهشی، این دانشگاه به فکر نشر پژوهشها و مطالعات در داخل کشور، افتاد و به این ترتیب اولین مجله فارسی این دانشگاه مجوز نشر گرفت و راه اندازی شد. این مجله در حال حاضر به عنوان یکی از معدود مجلات فارسی با نمایه بین المللی Scopus در سطح کشور فعالیت می کند و توان این را دارد که یه یک مجله فارسی زبان منطقه ای برای کشورهای فارسی زبان بدل شود.  پس از آن به تدریج بر تعداد مجلات دانشگاه به ویژه مجلات انگلیسی افزوده شد، به طوری که در حال حاضر 11 مجله به زبان انگلیسی و 7 مجله به زبان فارسی توسط این دانشگاه منتشر می شود. از 11 مجله انگلیسی زبان دانشگاه 9 مجله دارای نمایه های Pubmed، Scopus و نیز Web of Science هستند و یک مجله دارای نمایه Scopus است. به علاوه برخی از این مجلات در دسته مجلات Q1 قرار دارند. همه مجلات این دانشگاه دارای دسترسی آزاد یا Open access می باشند و به این ترتیب نویسندگان می توانند افزایش رویت پذیری و به تبع آن ارجاع بیشتر به مقالات خود را از مزایای نشر مقاله در این مجلات در نظر داشته باشند.
هدف اصلی دفتر امور مجلات دانشگاه ارتقای مجلات دانشگاه است، تا این مجلات بتوانند در نشر اطلاعات علمی جدید که توسط محققین خارجی و داخلی به دست آمده است، اثرگذار باشند. به همین دلیل از جمله برنامه های این دفتر نمایه کردن مجلات فارسی زبان دانشگاه در Scopus و نیز ارتقای مجلات انگلیسی جهت افزایش ضریب تاثیر (Impact factor) و سنجش استناد (CiteScore، می باشند. به علاوه این دفتر طراحی کارگاههای مرتبط با افزایش مهارت سردبیران، داوران و نویسندگان طراحی کرده است تا به این ترتیب بتواند بر نشر و ارتقای علم در سطح کشور و جهان یاری رساند.